Le musée d'histoire de Ouidah est un musée du Bénin localisé dans la ville de Ouidah, dans le département d'Atlantique. Il est situé dans l'ancien fort portugais São-Jão-Batista-de-Ajuda construit en 1721 qui etait jadis le lieu de transit des esclaves africains, la forteresse de Ouidah est aujourd’hui reconvertie en musée où se retrace l’histoire du Dahomey, des traditions Vodoun et de l’esclavagisme.
Le fort portugais São-Jão-Batista-de-Ajuda est un comptoir fortifié jusqu'en 1816 puis devient une mission catholique jusqu'en 1893. Il sert par la suite de siège à la représentation de l'État portugais. En 1961, pour célébrer l'indépendance du pays, le gouvernement du Dahomey annexe l'enclave portugaise. Avant de partir, les occupants incendient les bâtiments.
Par décret du 13 novembre 1964, le fort est classé monument historique. Il est restauré avec l'aide financière de la France et des États-Unis avec les conseils et les ressources du Portugal de la fondation Calouste-Gulbenkian. Un musée y est aménagé sur l'histoire de Ouidah, et ouvre ses portes le 6 septembre 19673. Il héberge 700 pièces de collection traitant de l'archéologie, de l'histoire et des arts à Ouidah.
